Senior Bioinformatics Engineer

UKEESS Software House шукає Senior Bioinformatics Engineer на повний робочий день (або в офісі у Львові, або з можливістю віддаленої співпраці в Україні).

Про замовника:

Це один з найбільших у світі ресурсів по сімейній історії та ДНК. За допомогою цього сервісу і ДНК-аналізу, наприклад, можна визначити етнічне походження, схильність до алергій, різноманітних хвороб, особливості тілобудови тощо (зараз - це близько 100 предикшинів в плані днк-аналізу). Також можна побудувати своє сімейне дерево на базі у понад 30 млрд оцифрованих архівних (у США) записів від XVIII ст. (+ ця цифра постійно росте) і дізнатись цікаві факти про своїх предків. Загалом, наш замовник вважається найбільшим у своєму спейсі. :)

Про проект та команду:

Ви приєднаєтесь до команди Data Science Engineering, яка працює над проектами, що пов'язані з дослідженням ДНК.  Один із наших проектів — прогнозування рис людей за допомогою SNP.

На цій посаді ви працюватимете із інфраструктурою та дослідницькою діяльністю, наприклад налаштуванням EMR, менедження Data Lake, роботою з хмарним середовищем, автоматизацією робочого процесу, розробкою даних та аналітикою. 

Технічний стек проекту: Python 3.8-3.11 / Django / MySQL / Nextflow / Airflow / PySpark / Docker / AWS (IAM, S3, EC2, FSx for Lustre) / Kubernetes 

Обов'язки нашого майбутнього колеги:

• Проектування та розробка складних великомасштабних систем, які щодня обробляють мільярди історичних записів

• Розробка ETL-пайплайнів із використанням Spark і Airflow

• Проектування та імплементація Nextflow-пайплайнів для обробки SNPs

• Робота з data engineering/processing/analytic

• Робота з хмарним середовищем (сервіси AWS)

• Визначення можливості впровадження інноваційних технологій

• Написання коду та юніт-тестів

• Постіний код-рев'ю пул-реквестів

• Діагностика складних проблем із залученням кількох систем і технологій

Наш ідеальний кандидат - це інженер із:

• хорошими навичками володіння Python

• здатністю обчислювати підсумкову статистику для вибірок даних

• критичними мисленням та відкритий до нових знань і навиків.

Необхідний досвід і навички:

• Хороші знання або досвід роботи із інструментами для Біоінформатики та базами даних: DBs: BLAST, GATK, NCBI, UCSC Genome browser, тощо

• 5+ років комерційного досвіду роботи із Python

• Комерційний досвід роботи з реляційними базами даних (MySQL бажано)

• Комерційний досвід роботи з інструментами оркестрації (Airflow / Nextflow бажано)

• Досвід із AWS (S3, EC2)

• Досвід роботи з CI/CD

• Англійська: вище середнього щонайменше (розмовна та письмова)

Буде перевагою:

• Хороші знання або досвід із PySpark

• Хороші знання або досвід із Django або Flask

• Хороші знання або досвід із Rust

• Хороші знання або досвід із Java

• Досвід із Docker і Kubernetes

• Знання або досвід із Scikit-learn

• Досвід із AWS FSx for Lustre і SageMaker 

• Знання або досвід із ML

• Комерційний досвід роботи з Airflow та/або Kubernetes

Що ми пропонуємо новому колезі?

• Конкурентоспроможна компенсація (на основі ринкових даних, але також залежить від технічного рівня кандидата)

• Гнучкий графік роботи

• Щорічна оплачувана відпустка

• Безкоштовні уроки англійської (онлайн)

• Медичне страхування або дві альтернативи на вибір

• Індивідуальний плани для професійного та особистісного розвитку

• Відсутність бюрократії та мікро менеджменту

• Сучасний комфортний офіс (зона барбекю, кухні, кімнати відпочинку та ін.)

• Закордонні відрядження (після війни)

• Парковка на території та зарядна станція для електромобілів

• Корпоративні подарунки, свята та розваги

• Спортивні активності: настільний теніс, футбол, воркаут

Надішліть нам своє резюме і давайте познайомимося! ;)

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Team of UKEESS Software House is currently looking for a Senior Bioinformatics Engineer to join our team for a full-time position (remotely in Ukraine or in Lviv’s office).

About the Customer:

Our customer is the world’s largest DNA network from the USA. With more than 30 billion digitized global historical records, 130 million family trees, and 18+ million people in their growing database, our customers help people discover their family stories and gain actionable insights about their health and wellness. 

About the Project and Team:

You will join the Data Science Engineering team and work on DNA research projects. One of our projects is a prediction of people’s traits using SNPs.

As a part of the team, you will work on infrastructure and research activities, such as setting up EMR, Data Lake management/governance, cloud-environment activities, workflow automation, data engineering, and analytics. 

Technologies stack: Python 3.8-3.11 / Django / MySQL / Nextflow / Airflow / PySpark / Docker / AWS (IAM, S3, EC2, FSx for Lustre) / Kubernetes 

Responsibilities will include:

• Help architect, design, and develop complex, large-scale systems that process billions of records every day

• Development of ETL pipeline using Spark and Airflow

• Design and implement a Nextflow pipeline to process SNPs

• Working with data processing/engineering/analytics

• Working with cloud-environment (AWS services)

• Identify opportunities to adopt innovative technologies and automation workflow

• Write code and unit tests

• Conduct code reviews

• Diagnose complex problems involving multiple systems and technologies

• Be an example of engineering excellence

Our ideal candidate will have good Python skills, the right mixture of critical thinking, a can-do attitude, solid programming fundamentals, an understanding of time series data, and the ability to calculate summary statistics for data samples.

Requirements:

• Knowledge or experience with Bioinformatics tools & DBs: BLAST, GATK, NCBI, UCSC Genome browser, etc.

• 5+ years of commercial experience with Python 

• Commercial experience with relational databases (MySQL is preferable) 

• Commercial experience with orchestration tools (Airflow / Nextflow is preferable)

• Experience with AWS (S3, EC2)

• Experience with CI/CD

• English: Upper-intermediate at least (both spoken and written)

It will be a plus:

• Strong knowledge or commercial experience with PySpark

• Strong knowledge or commercial experience with Django or Flask

• Strong knowledge or commercial experience with Rust 

• Experience with Docker and Kubernetes

• Knowledge or commercial experience with Scikit-learn

• Experience with AWS FSx for Lustre and SageMaker 

• Strong knowledge or commercial experience with Java

• Knowledge or experience with ML

What do we offer our new colleague?

• Competitive compensation (based on market data but also depending on the technical level of the candidate)

• Flexible work schedule

• 3 health packages to choose

• Annual paid vacation and state holiday celebration

• Free English classes (online)

• Individual approach to professional growth

• Lack of bureaucracy and micromanagement

• Modern, comfortable office facilities (a barbecue zone, kitchens, lounge rooms, coffee machines, etc.)

• Foreign business trips

• On-site parking lot and charge station for Electric Cars

• Corporate gifts, celebrations, and fun activities

• Sports activities: ping-pong, soccer, work-out

If you have a passion for solving challenging problems; building scalable, robust systems; love working with the latest technologies in a fast-paced, flexible environment; and are excited at the prospect of having a significant impact on products which has more than 3 million paying subscribers, then we want to talk to you! ;-)